因为南北朝合一后北朝继承了天皇的皇统，所以在“黑船事件”爆发之前，虽有论争，但“北朝正统论”居优势。
例如：江户时代初期，由林罗山起草、并由林家执笔的江户幕府官方编修史著《本朝通鉴》便以北朝为正统
可是，当水户藩编纂的文言文纪传体日本史《大日本史》面世时，使“南朝正统论”逐渐有了影响力。
《大日本史》一直坚持“南朝正统论”。
水户藩编写《大日本史》的主要目的，是以儒家的道德标准来评论人臣的是非功过。
按照儒家的道德标准，流放皇帝、扶持伪帝的足利尊氏，完全是十恶不赦的叛国逆贼。
除此之外，《大日本史》坚持“南朝正统论”的另一理由是以象征天皇权威的三种神器的所归为基准。
在南北朝对立时，三神器俱在南朝手中，故理应奉南朝为正朔。
“黑船事件”爆发后，幕府和朝廷的矛盾空前激化。
尊攘志士们凭借着朦胧的感性，推导出一条等式——因为幕府主张“北朝正统论”，所以拥护“南朝正统论”就等于反对幕府。
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