&派出大使来到联合国希望与人类和睦共处，但人类不答应。
人类率先发动了战争，使用核武器攻击，但机器人对于核弹产生的高温和辐射并不惧怕。机器开始全面反击，很多人类世界都被占领。
人类想出了终极办法，他们认为机器的能源主要是来自于太阳能，于是制造了黑幕遮蔽了太阳。
然而还是没什么用，机器对人类的身体非常熟悉。
它们开始大规模培植人类胚胎，将人的思维梦境接入网络，形成一个虚幻的人类社会，收集利用人类产生的生物电能，成为机器的能源，为世界供电，这个网络系统就是矩阵。
为了更好的控制人类，人工智能发明了电脑人，即：完全有着人类的基因，脑部进改良，可以通过插孔接入虚拟神经网络矩阵的人。
虚拟神经网路可以模拟现实，通过电磁信号让大脑产出现实幻觉。
实现完完全全的控制，这是一种从身体到灵魂的绝对控制。
从此传统的纯种人类在地面上基本彻底灭绝。人类的基因存在于电脑人中，思想存在于母体中。
但纯种的人类并没有灭绝，在星球的地下溶洞里还存在一个名叫锡安的反抗组织。
紧接着，故事开始了，在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着。
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