而在现实锡安中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯，也一直在矩阵中寻找传说的救世主。
就这样，在人类反抗组织成员崔妮蒂的指引下，两人见面了，尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵。
按照故事情节的发展，这应该是一个人类反抗机器的抗争之旅，只不过到头来他们发现这只是机械社会的一次升级罢了。
矩阵设立的时候，是机器人和人类的大战刚刚结束。
机器的智能使得它们在利用现有科学理论制造出相应技术成果的能力极其强大，可以将一切现有的技术都发展到淋漓尽致的地步，远远超过人类，从而把人类打的一败涂地。
但是它们却有一个致命的弱点，就是在真正的创造性方面有所缺乏。
可以利用现有的人类提供的理论发展技术，却没有办法提出全新的更高级的理论。
所以像是用相对论，量子力学补充牛顿力学那样一种类型的理论创新和革命，是机器文明暂时难以做到的，这对他们进一步发展来说是一个瓶颈，是必须要突破的障碍。
随着时间的流逝，人工智能机器早已迅速学会了利用其他能源，完全可以抛弃人体生物电。
然而机器的创造性不如人类，作为人工智能机器的创造者，机器决定向他的造物主学习，所以才留下了人类。
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