矩阵可以观察人类的各种活动，来实现自我学习，学习的结果用于母体的升级改造和人工智能机械的改造。
这个矩阵经过了6次版本升级。最后来到了最关键的版本升级，就是让电脑人拥有感情。以此来观察人类感情对于生命进化的意义。
这是一次危险的尝试，有可能会导致人工智能的全面自我崩溃，而男主角尼奥就是这次升级的关键因素。
人类的头脑是一个复杂的超混沌动力系统，有正的李亚普诺夫指数和拓扑熵，人类思考时的非逻辑性跳跃性会帮助人类产生一些很新鲜的思想。
一些表面上看来无用的想法思路研究也会被人类社会所保留，并在一定程度上得到开拓发展，成为未来可能具有重大实际意义的理论创新的萌芽。
群论，拓扑学，黎曼几何等等一开始都被认为是抽象的数学理论游戏，没有什么实际意义，但后来却成为现代科学的基础。
然而机器智能文明，他们的思维严格遵循逻辑运算，而且一旦发现无用的思维或程序，总是加以删除或限制。
这样一来，严重阻碍他们理论创新能力的发展和文明的进化。
电影里，那些机器自己也意识到了这一点。
但仅仅意识到这点是不够的，如果只是放任无目的程序的存在和泛滥，并不意味着机器文明能发展出自己的创新能力来。
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